Toute l'histoire de Dragon Ball GT se passe en une seule année: 789.

Le roi Pilaf monte au Palais céleste pour voler les boules de cristal. Surpris par Sangoku, il fait les voeux que ce dernier redevienne enfant. Sangoku, Pan et Trunks partent dans l'espace, pour un voyage de plusieurs mois, à la recherche des sept boules de cristal. En arrivant sur la planète M2, ils vont rencontrer le Docteur Myu et son robot mutant, Baby. Ce dernier est le seul survivant de la planète Tsufure. Il rêve de se venger de ce que les Guerriers de l'espace ont fait aux siens des siècles plus tôt. Il part sur Terre et prend possession du corps de Végéta dont le père était responsable de l'attaque de Tsufure. Sangoku, Trunks et Pan reviennent sur Terre et affrontent Baby-Végéta. Sangoku est vaincu et ramené par Kibit sur la planète du Doyen. Ce dernier fait ressortir sa queue afin que Sangoku puisse se transformer en Gorille. Pendant ce temps, Boubou va fusionner avec Oub et donner naissance à Ultra Oub. Sangoku retourne sur Terre et affronte Baby-Végéta. Grâce à Pan, Sangoku, devenu en Gorille Super Guerrier, se transforme en Gorille Super Guerrier 4 et réussi à vaincre baby. Petit Coeur meurt définitivement durant la destruction de la Terre. Sangoku sauve tous les habitants et une nouvelle Terre naît grace à Shenron. Le 29ème tournoi à lieu. Oub, déguisé en Papuya, va y participer.
Une grande crise survient et les boules de cristal deviennent sombre. Le Dragon noir Ryu Shenron apparaît et explique à nos amis qu'ils doivent l'affronter s'ils veulent que les boules redeviennent normales. Ryu Shenron transforme chaque boule de cristal en un Dragon noir. Sangoku les affronte un à un et finit face à Li Shenron. Végéta, devenu en Super Guerrier 4, fusionne avec Sangoku en Super Guerrier 4 et devient Gogéta 2. Il est plus fort que Li Shenron mais échoue. Sangoku va réussir à vaincre Li Shenron grâce à l'énergie universelle. Shenron va disparaître pour éviter que les hommes ne se déchirent à nouveau à cause de lui. Sangoku lui demande de rester et, en échange, il s'en ira à sa place.
Avant de mourir, Sangoku va voyager 100 ans plus tard dans le futur et voir Sangoku Jr., le petit fils de Pan. Il va le voir affronter Végéta Jr. durant un Tournoi et lui parle brièvement.

En 879 Naissance de Sangoku Jr. A la mort de ses parents, c'est Pan qui s'occupe de lui. Ils vont vivre ensemble dans la ville de Satan City. Pan est très respectée et admirée de tous. Ses deux grands-pères, Hercule et Sangoku sont des légendes, les plus grands héros de la planète.

En 889 Sangoku Jr. est un garçon timide et introverti. C'est aussi le souffre-douleur de  ses camarades. Après l'attaque cardiaque de Pan, Sangoku Jr. va partir à la recherche de la boule de cristal à quatre étoiles. Sa grand-mère ne cessait de lui dire que cette boule exauçait les voeux. Sangoku va alors apparaître et redonner courage au jeune garçon.